יד בן־צבי מעניקה בכל שנה מלגות ופרסים במטרה לעודד מחקרים וחוקרים העוסקים בחקר ארץ ישראל ובחקר קהילות ישראל במזרח.
-
מלגות עמיתי מחקר מטעם מכון בן צבי לחקר קהילות ישראל במזרח
-
פרסים ע"ש מארק ולובה יובילר לתלמידי מחקר של האוניברסיטה העברית
-
מלגה על שם רחל ינאית בן־צבי לתלמידי מחקר של האוניברסיטה העברית
-
סדנה מתודולוגית לתלמידי התואר השלישי
-
מלגת פוסט־דוקטורט בחקר ארץ ישראל ויישובה
-
פרס עת־מול
-
פרס ד"ר נתנאל ואריקה לורך
-
מלגות מחקר בתחום תולדות הספרדים בארץ ישראל מטעם מרכז עודד וטוני אליָשׁר לשנת תשפ"ב 2022-2021
-
פרס ע"ש מרדכי איש־שלום
-
פרס בן־צבי
-
פרס על מפעל חיים